CALYPSO安装方法解析

安装步骤：

1、下载上传Anaconda、CALYPSO，Example

2、安装Anaconda（或安装numpy）

3、安装分析工具cak.py

4、编写相关脚本

5、算例测试（输入文件：input.dat, caly.pbs, calypso.x, submit.sh, INCAR_*, POTCAR）

1、下载上传Anaconda、CALYPSO，Example

Anadonda下载地址：https://www.anaconda.com/distribution/#download-section注意下载python2.7

CALYPSO注册地址：http://www.calypso.cn/getting-calypso/（注册后有个协议要签字扫描后发回，才给开账号）

CALYPSO和Example下载地址（需要注册后获得账号密码）：http://download.calypso.cn/

上传可用sftp等工具（略，切勿在windows下解压再上传）

2、安装Anaconda（或安装numpy）

这一步安装会把基本咱们要用的python库文件都安上，这也是建议大家安装的原因，以后安装phonopy也就方便了，不用手动安装那么多python库了。（需要等待一段时间）

发现python已经指向了我的安装目录，那么成功了。

3、安装分析工具cak.py

到相应的文件夹下去打开Makefile找到相应的这一行，修改为刚刚anaconda2文件夹下的python路劲，保存，退出，make

根据提示，把引号中的语句放到我家目录下的.bashrc文件中

输入vi ~/.bashrc，添加语句，保存并退出。

which cak.py能够正确找到它说明安装成功。

4、编写相关脚本

先找到提交VASP的脚本，例如vasp.pbs，内容解析如下（#PBS开头的是调用资源行）：

按照vasp.pbs的内容，改完后的caly.pbs和submit.sh如下，用qsub caly.pbs提交任务。对比一下就清楚了。（calypso.x是串行程序，不要用mpirun去执行；局域优化软件vasp需要用mpirun并行，主要加上killall -9 vasp_std）

5、算例测试（输入文件：input.dat, caly.pbs, calypso.x, submit.sh, INCAR_*, POTCAR）

解压Examples.tar.gz （用tar -zxvf Examples.tar.gz）

去看例子里的README，看自己想要模拟那个体系，以二维材料结构预测为例

新的预测需要准备以下几个文件：

caly.pbs和submit.sh，从原提交作业中的vasp.pbs中修改得来

calypso.x从解压CALYPSO_x64.tar.gz中的bin文件夹用命令cp拷贝过来，主要不要拖到windows中解压再上传，会丢失文件权限。

INCAR_1 INCAR_2 INCAR_3 input.dat POTCAR 从6_example拷贝过来，做适当修改。

准备好这几个文件后，就可以用qsub caly.pbs提交作业了。

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