武汉理工大学赵焱课题组开发脚本 MS建模一键获取VASP输入文件POSCAR

本文给大家推介并分享一个通过Materials Studio一键获取VASP输入文件POSCAR的脚本，xsd2pos.pl。此脚本是武汉理工大学首席教授赵焱在帮助学生解决VASP计算问题时编写，解决了其他间接非手动获取POSCAR存在的问题，同时也相较于其他方法更为便捷，相信会对从事VASP计算的同行们带来便利。赵焱老师怀着哺育天下学子的情怀，希望给大家分享一下。

下文介绍一下它的使用方法以及它所解决的问题，在此就不给大家介绍脚本的内容了，会编程的朋友们可自行学习。

使用方法

此脚本适用于用Materials Studio 建模获取POSCAR，操作非常简单。

（1）把xsd2pos.pl脚本直接拖至需要转化成POSCAR的xsd格式文件所在目录。示例中，我们将TiO2_single.xsd转化成POSCAR。

（2）将xsd2pos.pl打开，将第12行引号中的内容改写成需转化的xsd文件的名字。

（3）点击上图紫红色框中的三角形按钮运行脚本便生成了POSCAR文件，如下图。

解决的问题

此脚本的诞生源于赵焱老师的学生运用cel2pos.pl 脚本和Vesta生成POSCAR时不能便利地选择性固定原子。赵焱老师为了解决这个问题，花了半天时间为学生们创造了该脚本。不得不说，尽管赵焱老师作为计算化学专家，编个脚本不费吹灰之力，但在繁重的教学任务、科研任务之下，半天的时间于他而言实为珍贵。

一般大家构造表面模型时，需要选择性固定几层原子以模拟体相结构。

如下图是一个TiO2（101）表面结构模型，通过Materials Studio我们可以很轻松地按需要固定原子。该示例中选择性固定了图中标黄的原子。

运用先前大家比较熟悉的cel2pos.pl将cell文件转化为POSCAR得到的原子结构信息如图，所有的原子都不是固定的，而要手动固定将会有很大的工作量。

另外，还有一个常用的方法就是用Vesta生成POSCAR，这种方法得到的POSCAR如下图所示，这种就没有原子固定与否的信息，等同于cel2pos.pl得到的POSCAR。

而我们运用xsd2pos.pl脚本能够直接将原子固定信息写进POSCAR。如图所示，在这里需要注意一下，选择性固定原子做动力学的时候“Selective Dynamics”必须有。

现在大家知道这个脚本的厉害了吧。

该脚本诞生仅有几天时间，应广大VASP计算同行的需求，将它分享出来。可能还有错误之处没有来得及发现和纠正，如果大家在之后的应用中发现错误，请反馈给我们（邮箱：yan60@hotmail.com），不胜感激。如陈述内容有错误之处，也请大家指正，我们会虚心接受并改正。

请点击本链接下载脚本

本文系赵老师的学生何同学供稿。

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